Văn phòng Tổng công ty là cơ quan chức năng của Tổng Công ty Cảng Hàng không miền Nam, được thành lập trên cơ sở chuyển từ Văn phòng Cụm cảng thuộc Cụm Cảng hàng không miền Nam theo quyết định số1041/QĐ-TCTCHKMN ngày 15/05/2008 của Tổng công ty Cảng hàng không miền Nam.

Văn phòng Đảng - Đoàn là cơ quan chức năng của Tổng Công ty Cảng hàng không miền Nam, được thành lập theo quyết định số 1042/QĐ-TCTCHKMN ngày 15/5/2008 của Tổng Công ty Cảng hàng không miền Nam trên cơ sở tổ chức lại Văn phòng Đảng - Đoàn thuộc Cụm cảng hàng không miền Nam

Ban Tổ chức cán bộ là cơ quan chức năng của Tổng Công ty Cảng hàng không miền Nam, được thành lập lại trên cơ sở chuyển từ phòng Tổ chức cán bộ - Lao động thuộc Cụm Cảng hàng không miền Nam theo quyết định số……/QĐ-TCTCHKMN ngày……/     ……./2008 của Tổng công ty Cảng hàng không miền Nam.

Ban Kỹ thuật – Công nghệ à cơ quan chức năng của Tổng Công ty Cảng hàng không miền Nam  được thành lập  trên cơ sở chuyển từ phòng Kỹ thuật - Công nghệ thuộc Cụm Cảng hàng không miền Nam theo quyết định số 1043/QĐ-TCTCHKMN ngày 15/5/2008.

Ban Kế hoạch được thành lập theo Quyết định số ..../2008QĐ-CCMN ngày .. /.. /2008 của Tổng Giám Đốc Tổng công ty Cảng hàng không Miền Nam

Ban An ninh - An toàn  là cơ quan chức năng của Tổng Công ty Cảng hàng không miền Nam, được thành lập mới theo quyết định số 991/QĐ-TCTCHKMN ngày 09/5/2008.

Ban Tài chính – Kế toán là cơ quan chức năng của Tổng Công ty Cảng hàng không miền Nam, được thành lập lại trên cơ sở chuyển từ phòng Tài chính - Kế toán thuộc Cụm Cảng hàng không miền Nam theo quyết định số1029/QĐ-TCTCHKMN ngày15/5/2008 của Tổng công ty Cảng hàng không miền Nam.

Ban quản lý cơ sở hạ tầng là cơ quan chức năng của Tổng công ty Cảng hàng không miền Nam, được thành lập mới trên cơ sở tách một phần chức năng, nhiệm vụ của Ban Kế hoạch Tổng công ty.

Trung tâm Điều hành sân bay là đơn vị thành viên của Tổng Công ty Cảng hàng không miền Nam, được thành lập trên cơ sở chuyển đổi từ phòng Cảng vụ thuộc Cụm Cảng hàng không miền Nam theo quyết định số……/QĐ-TCTCHKMN ngày……/     ……./2008.

Ban kiểm soát là cơ quan giúp việc cho Hội đồng quản trị theo quy định của Luật doanh nghiệp Nhà nước.